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斧江财团位于北海道函馆的收藏库，收到来自怪盗基德的一封预告信。据说这次基德的目标，锁定与幕末时代新选组副队长・土方岁三有密切关联的日本刀。平时只盗取名贵珠宝的基德，这次为什么会锁定日本刀……？另一方面，关西的名侦探・服部平次与柯南，他们为了剑道大会也来到了函馆。在预告的犯案日当天，平次能否看穿基德的变装，顺利将人追捕到手……！？ 同一个时间，函馆仓库街上发现了一具遗体，胸部被割划出十字形状的伤痕。从搜查线索中发现，死者身分为在亚洲一带活动的日裔美籍武器销售商，人称「死亡商人」，他正在寻找与战时军需产业密不可分的斧江财团第一代当主藏匿在函馆某处的宝物。传闻中，在当时是足以拯救日本战败局面的强力兵器……，而那个宝物与基德锁定的日本刀又存在着某种关连。也正因为如此，针对着目标锁定日本刀的基德，谜样「剑士」的身影正一步步逼近……
