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2118年1月。以公安局统括监察官身份出席会议的常守朱，收到了外国船舶发生案件的通报。朱与同样出席会议的厚生省统计本部长·慎导笃志一同紧急赶往现场，然而不知为何，搜查权却被移交给了外务省海外调整局行动课。从船上发现了作为会议嘉宾被笃志邀请的米莉西亚·斯特朗斯卡娅博士的遗体。在案件的背后，存在着行动课一直追查的〈和平破坏者〉的身影。得知这是一起〈和平破坏者〉为了夺取博士确立的研究——通称〈斯特朗斯卡娅文献〉而引发的案件后，刑事课一课与行动课组成了联合搜查队。在那里，出现了曾经从公安局逃亡的狡啮慎也的身影——。在得到博士生前最后联络的杂贺让二的协助下，一课为了获取文献而前往出岛，然而……。 围绕着〈斯特朗斯卡娅文献〉，朱与狡啮将联手面对一场远超预期的巨大案件。而在那前方，隐藏着动摇日本政府乃至西比拉系统的某个真相。连接失落环节的〈未曾讲述的故事〉，终于即将揭晓——。
